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		<title>Aritalab:Lecture/Biochem/Software - Revision history</title>
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		<title>Adm: /* シミュレーション */</title>
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		<summary type="html">&lt;p&gt;‎&lt;span dir=&quot;auto&quot;&gt;&lt;span class=&quot;autocomment&quot;&gt;シミュレーション&lt;/span&gt;&lt;/span&gt;&lt;/p&gt;
&lt;table class='diff diff-contentalign-left'&gt;
				&lt;col class='diff-marker' /&gt;
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			&lt;td colspan='2' style=&quot;background-color: white; color:black;&quot;&gt;← Older revision&lt;/td&gt;
			&lt;td colspan='2' style=&quot;background-color: white; color:black;&quot;&gt;Revision as of 08:12, 16 June 2011&lt;/td&gt;
			&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td colspan=&quot;2&quot; class=&quot;diff-lineno&quot;&gt;Line 2:&lt;/td&gt;
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&lt;tr&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;&amp;#160;&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #eee; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;===[http://www.celldesigner.org Cell Designer]===&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;&amp;#160;&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #eee; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;===[http://www.celldesigner.org Cell Designer]===&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
&lt;tr&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;&amp;#160;&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #eee; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;慶應義塾大学の舟橋さんが開発するエディタ兼シミュレータです。大変高機能で使い勝手もよくできています。&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;&amp;#160;&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #eee; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;慶應義塾大学の舟橋さんが開発するエディタ兼シミュレータです。大変高機能で使い勝手もよくできています。&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
&lt;tr&gt;&lt;td colspan=&quot;2&quot;&gt;&amp;#160;&lt;/td&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;+&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #cfc; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;&lt;ins style=&quot;color: red; font-weight: bold; text-decoration: none;&quot;&gt;主にシグナル伝達や大規模ネットワークの視覚化に用いられます。&lt;/ins&gt;&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
&lt;tr&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;&amp;#160;&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #eee; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;;インストールの仕方&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;&amp;#160;&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #eee; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;;インストールの仕方&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
&lt;tr&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;&amp;#160;&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #eee; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;# ウェブサイトからダウンロードのリンクをたどる&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;&amp;#160;&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #eee; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;# ウェブサイトからダウンロードのリンクをたどる&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
&lt;tr&gt;&lt;td colspan=&quot;2&quot; class=&quot;diff-lineno&quot;&gt;Line 19:&lt;/td&gt;
&lt;td colspan=&quot;2&quot; class=&quot;diff-lineno&quot;&gt;Line 20:&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
&lt;tr&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;&amp;#160;&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #eee; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;/td&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;&amp;#160;&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #eee; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
&lt;tr&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;&amp;#160;&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #eee; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;===[http://www.copasi.org/ Copasi]===&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;&amp;#160;&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #eee; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;===[http://www.copasi.org/ Copasi]===&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
&lt;tr&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;−&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #ffa; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;VBIのPedro &lt;del class=&quot;diffchange diffchange-inline&quot;&gt;Mendesが中心に開発する代謝反応のシミュレータです。&lt;/del&gt;&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;+&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #cfc; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;VBIのPedro &lt;ins class=&quot;diffchange diffchange-inline&quot;&gt;Mendesが中心に開発する代謝反応のシミュレータです。代謝のフラックスや定量シミュレーションに向いています。&lt;/ins&gt;&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
&lt;tr&gt;&lt;td colspan=&quot;2&quot;&gt;&amp;#160;&lt;/td&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;+&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #cfc; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;&amp;#160;&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
&lt;tr&gt;&lt;td colspan=&quot;2&quot;&gt;&amp;#160;&lt;/td&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;+&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #cfc; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;&lt;ins class=&quot;diffchange diffchange-inline&quot;&gt;===[http://www.genesis-sim.org/GENESIS/ GENESIS]===&lt;/ins&gt;&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
&lt;tr&gt;&lt;td colspan=&quot;2&quot;&gt;&amp;#160;&lt;/td&gt;&lt;td class='diff-marker'&gt;+&lt;/td&gt;&lt;td style=&quot;background: #cfc; color:black; font-size: smaller;&quot;&gt;&lt;div&gt;&lt;ins class=&quot;diffchange diffchange-inline&quot;&gt;神経科学の分野で20年以上にわたり使われ、開発されてきたシミュレータです。視覚的にはあまりぱっとしませんが、多くの神経生理学モデルが利用可能です。&lt;/ins&gt;&lt;/div&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;
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		<author><name>Adm</name></author>	</entry>

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		<title>Adm: Created page with &quot;==シミュレーション== ===[http://www.celldesigner.org Cell Designer]=== 慶應義塾大学の舟橋さんが開発するエディタ兼シミュレータです。大変高...&quot;</title>
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				<updated>2011-06-16T08:08:13Z</updated>
		
		<summary type="html">&lt;p&gt;Created page with &amp;quot;==シミュレーション== ===[http://www.celldesigner.org Cell Designer]=== 慶應義塾大学の舟橋さんが開発するエディタ兼シミュレータです。大変高...&amp;quot;&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;&lt;b&gt;New page&lt;/b&gt;&lt;/p&gt;&lt;div&gt;==シミュレーション==&lt;br /&gt;
===[http://www.celldesigner.org Cell Designer]===&lt;br /&gt;
慶應義塾大学の舟橋さんが開発するエディタ兼シミュレータです。大変高機能で使い勝手もよくできています。&lt;br /&gt;
;インストールの仕方&lt;br /&gt;
# ウェブサイトからダウンロードのリンクをたどる&lt;br /&gt;
# 実行形式のファイルをクリックしてインストール、アイコンをクリックしてスタート&lt;br /&gt;
;サンプルファイルの実行&lt;br /&gt;
# File &amp;amp;rarr; Open で samples フォルダの中から適当なモデルを選びます。(MAPK.xml)&lt;br /&gt;
# 選んだモデルが画面に出てくるので、Simulation &amp;amp;rarr; Control Panel を出します&lt;br /&gt;
# Control Panel 内で、左上の実行時間 (End time) を 1000 にして実行し、概要を把握します&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
;モデルデータベースからのダウンロード&lt;br /&gt;
* EBI の [http://www.ebi.ac.uk/biomodels-main/ BioModels] データベース&lt;br /&gt;
: けっこう動かないモデルも多い&lt;br /&gt;
: モデルは [http://www.celldesigner.org/help/sim_biomodels_352.html Cell Designerの確認サイト] から選ぶとよい&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===[http://www.cellillustrator.com/jp/home Cell Illustrator]===&lt;br /&gt;
東大医科研で開発するエディタ兼シミュレーターです。　シミュレーション機能を持つバージョンは有償のため、お勧めしません。&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===[http://www.copasi.org/ Copasi]===&lt;br /&gt;
VBIのPedro Mendesが中心に開発する代謝反応のシミュレータです。&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Adm</name></author>	</entry>

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