View source for Doc:MassBank/PPR

{{MassBank/Header}}
__NOTOC__
=How to Create Precursor-Product Page=

;Step1
:作成するページ名が決まったら、ブラウザのhttpアドレスに
<pre>http://metabolomics.jp/wiki/MassBank:ページ名</pre>
と入力してください。Edit this pageというリンクを押すとページの編集画面になります。

<br/>
;Step2
:ブラウザの別タブ上でこのページにアクセスし、下のスロットに観測されたイオンのリスト入力します。半角スペース区切りで質量の降順に入力してください。（入力サンプルは消してしまってOKです。)その後、Createボタンを押してください。

{{#formtag:form|method="post" action="/wiki/Doc:MassBank/PPR"|
{{#formtag:input|type="text" name="Ions" size="60" value="C4H10NO2 C4H7O2 C4H8NO C4H5O"}}
{{#formtag:input|type="submit" value="Create"}}
}}

<br/>
;Step3
:ボタンを押した後に、以下に生成される文字列がページソースの基本です。新規作成したページのソースとしてSaveしてください。Internet Explorerでは行末にスペースが入ってしまいます。&&組成式&&組成式..&&となっているイオン列の行だけは、最後のスペースを除去して入力するようにお願いします。

<nowiki>{{MassBank/Matrix|data=</nowiki><br/>
{{#lua: <!----make sure that parameters are the same as in Template:MassBank/Matrix --->
  FORMULA_PAT = "(C?[1-9]?[0-9]?)(H?[1-9]?[0-9]?)(C?l?[2-9]?)(F?[2-9]?)(I?[2-9]?)(N?[1-9]?[0-9]?)(O?[1-9]?[0-9]?)(P?[2-9]?)(S?[2-9]?)";
  FORMULA_CHAR = "CHFINOPSl0-9";
  ATOM = {"C", "H", "Cl", "F", "I", "N", "O", "P", "S"};
  MASS = {12, 1, 35, 19, 127, 14, 16, 31, 32};

  function toFormula(t)
    for i,v in pairs(t) do
      if (v == "")
      then t[i] = 0
      else if (v == ATOM[i])
        then t[i] = 1
        else t[i]=tonumber(string.sub(v,1+string.len(ATOM[i])))
        end
      end
    end
    return t
  end

  function mass(str)
    local t = toFormula({string.match(str,FORMULA_PAT)})
    ret = 0;
    for i,v in pairs(t) do
      ret = ret + t[i] * MASS[i]
    end
    return ret;
  end

  function diff(str1, str2)
    ---computes str1 - str2. If negative, returns nil.---
    local t1 = toFormula({string.match(str1,FORMULA_PAT)})
    local t2 = toFormula({string.match(str2,FORMULA_PAT)})
    for i,_ in pairs(t1) do
      if (t1[i] < t2[i]) then return nil else t1[i] = t1[i]-t2[i] end
    end
    local ret = "";
    for i,v in pairs(t1) do
      if (v >= 1) then ret = ret .. ATOM[i] end
      if (v > 1) then ret = ret .. v end
    end
    return ret
  end

  local list = {}
  local x = nil
  for formula in stdin:gmatch("([%S]+)") do
    if (x ~= nil and mass(formula) > mass(x)) then
      print('<span style="color:red">Illegal ion order (check mass!): '..x..' < '..formula..'</span><br/>')
    end
    x = formula
    table.insert(list, formula)
  end
  print("&&"..table.concat(list,"&&").."&&")

  for i=1,table.getn(list)-1 do
    label = false
    str = "&&"..list[i]..":"
    for j=i+1,table.getn(list) do
      if (diff(list[i],list[j])) then
        str = str.." "..list[j]
        label = true
      end
    end
    if (label) then print("\n"..str) end
  end

|{{#get:Ions}}
}}
<nowiki>}}</nowiki>

=How to Write Annotations=
<pre>
{{MassBank/Matrix|data=
&&C7H14NO3&&C7H11O3&&C5H8NO2&&C4H8NO2&&C7H13&&C4H10NO&&C6H11&&C6H7&&C4H7O&&C5H9&&C3H8N&&C4H7&&

&&C7H14NO3:C7H11O3
この行はコメントです。ソースを見てもらえればわかりますが、任意の行数を書くことができます。wikitableの中に配置するので、箇条書きや簡単な見出し表示
#例えばこんな感じ
#も可能です。
; Sample
: This is a pen.
:: This is a pen.
::: This is a pen.
ただし、全てがwiki関数の中で処理されるため表などは作れません。もちろん英語表記もOKです。
コメント中に使えない文字列は、半角の｜と～です。
&&C7H14NO3: C4H8NO2 C4H10NO C3H8NP
&&C4H10NO: C3H8N
この行はコメントです。
&&C4H10NO: C4H7
この行は再びコメントです。PPテーブルとwikiテーブルは親イオンに相当する最左列を縦にまとめて表示しない点が異なりますが、まとめてしまうと表全体を列毎にソートすることができないので、縦に列をまとめない仕様にしています。
}}
</pre>
は以下のアノテーションを出力します。
=Annotations=
{{#replace:
{{#lua:
  ---print comments---
  FORMULA_CHAR = "CHFINOPSl0-9"
  FORMULA_PAT = "(C?[1-9]?[0-9]?)(H?[1-9]?[0-9]?)(C?l?[2-9]?)(F?[2-9]?)(I?[2-9]?)(N?[1-9]?[0-9]?)(O?[1-9]?[0-9]?)(P?[2-9]?)(S?[2-9]?)"
  ATOM = {"C", "H", "Cl", "F", "I", "N", "O", "P", "S"} 
  MASS = {12, 1, 35, 19, 127, 14, 16, 31, 32}

  function toFormula(t)
    for i,v in pairs(t) do
      if (v == "")
      then t[i] = 0
      else if (v == ATOM[i])
        then t[i] = 1
        else t[i]=tonumber(string.sub(v,1+string.len(ATOM[i])))
        end
      end
    end
    return t
  end

  function mass(str)
    local t = toFormula({string.match(str,FORMULA_PAT)})
    ret = 0;
    for i,v in pairs(t) do
      ret = ret + t[i] * MASS[i]
    end
    return ret;
  end

  ret = ""
  comment = "";
  head = "";
  tail = "";
  for line in stdin:gmatch("[%S ,]+") do
    repeat
    if (string.find(line, "^&&[&%a%d]+&&$") ~= nil) then break end
    local h, t = string.match(line, "^&&(["..FORMULA_CHAR.."]+) *: *(["..FORMULA_CHAR.." ]+)$");
    if (h ~= nil and t ~= nil) then
      if (comment ~= "") then
        ret = ret .."~-\n~~"..head.." ('''"..mass(tail).."''')".." ~~ "..tail.." ('''"..mass(tail).."''')".."\n~~ "..comment.."\n"
        comment = ""
      end
      head = h; tail = t
      break
    end
    ---comment lines---
    comment = comment .. line.."\n"
    until true
  end
  ---process the last comment (head=precursor, tail=product)---
  if (comment ~= "") then 
    ret = ret .. "~-\n~~"..head.." ('''"..mass(head).."''')".." ~~ "..tail.." ('''"..mass(tail).."''')".."\n~~ "..comment.."\n"
  end
  if (ret ~= "") then
    ret = '{~ class="wikitable sortable"\n!Precursor~~Product~~Comments\n'.. ret ..'~}'
    print(ret)
  end
|
&&C7H14NO3&&C7H11O3&&C5H8NO2&&C4H8NO2&&C7H13&&C4H10NO&&C6H11&&C6H7&&C4H7O&&C5H9&&C3H8N&&C4H7&&

&&C7H14NO3:C7H11O3
この行はコメントです。ソースを見てもらえればわかりますが、任意の行数を書くことができます。wikitableの中に配置するので、箇条書きや簡単な見出し表示
#例えばこんな感じ
#も可能です。
; Sample
: This is a pen.
:: This is a pen.
::: This is a pen.
ただし、全てがwiki関数の中で処理されるため表などは作れません。もちろん英語表記もOKです。
コメント中に使えない文字列は、半角の｜と～です。
&&C7H14NO3:C4H8NO2 C4H10NO C3H8NP
&&C4H10NO: C3H8N
この行はコメントです。
&&C4H10NO: C4H7
この行は再びコメントです。PPテーブルとwikiテーブルは親イオンに相当する最左列を縦にまとめて表示しない点が異なりますが、まとめてしまうと表全体を列毎にソートすることができないので、縦に列をまとめない仕様にしています。
}}
|~|{{#bar:}}}}