View source for Help:HowToMake Metabolomics.jp Clone

<span style="color: red; font-weight: 700">※制作中のページです※</span>

このページでは、metabolomics.jpのクローンを作成するための手順を説明します。

=基本セッティング=

以下のガイドを参考にmediawikiのインストールを行って下さい。

http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Installation_guide/ja (本家/日本語)<br />
http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Installation_guide (本家/English)

==注意点==
* phpのコンパイルには以下のconfigureオプションを追加して下さい。
 --with-mysql[=DIR]
 --with-gd[=DIR]
 --enable-mbstring
 --enable-mbregex
 --enable-zend-multibyte
 --enable-soap

=extensionのインストール=
 
==既存extension==

metabolomics.jpでは以下の5つの既存extensionを利用しています。
各extensionのインストールについては、リンク先ページをご参照下さい。

# [http://www.mediawiki.org/wiki/Extension:ParserFunctions ParserFunctions]
# [http://www.mediawiki.org/wiki/Extension:Cite/Cite.php Cite/Cite.php]
# [http://www.mediawiki.org/wiki/Extension:CategoryTree CategoryTree]
# [http://www.mediawiki.org/wiki/Extension:Variables Variables]
# [http://www.mediawiki.org/wiki/Extension:ImageMap ImageMap]

===Variablesについて===
Variables extensionは必ずしも必要ではありません。<br />
metabolomics.jpでは、以下のように「APPLETROOT」というDocumentRootからアプレットを置いたディレクトリへのパスを定義していますが、
アプレットを一つのディレクトリにまとめておき、ディレクトリを移動する可能性がある場合に有効です。

なお、イタリック体の部分は、環境に合わせて変更して下さい。

 <?php
 
 $wgCustomVariables = array(
          'APPLETROOT',
 );
 
 $wgHooks['MagicWordMagicWords'][]          = 'wfAddCustomVariable';
 $wgHooks['MagicWordwgVariableIDs'][]       = 'wfAddCustomVariableID';
 $wgHooks['LanguageGetMagic'][]             = 'wfAddCustomVariableLang';
 $wgHooks['ParserGetVariableValueSwitch'][] = 'wfGetCustomVariable';
 
 function wfAddCustomVariable(&$magicWords)
 {
         foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) $magicWords[] = "MAG_$var";
         return true;
 }
 
 function wfAddCustomVariableID(&$variables)
 {
         foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) $variables[] = constant("MAG_$var");
         return true;
 }
 
 function wfAddCustomVariableLang(&$langMagic, $langCode = 0)
 {
         foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) {
                 $magic = "MAG_$var";
                 $langMagic[defined($magic) ? constant($magic) : $magic] = array(0,$var);
         }
         return true;
 }
 
 function wfGetCustomVariable( &$parser, &$cache, &$index, &$ret )
 {
         global $egAppletRoot;
 
         switch ( $index ) {
         case MAG_APPLETROOT:
                 $ret = <i>PATH_TO_APPLETROOT</i>;
                 break;
         }
 
         return true;
 }

===チェック===
以下のページをコピーして、同じ表示になれば上記extensionのインストールは完了です。

[[Help:CheckExistingExtension]]

==独自extension==
以下のtgzファイルは、metabolomics.jpで開発し、現在利用しているextensionの全ソースです。
2011/02/22現在での最新版をまとめてあります。

*{{#ifexistfile:/data/src/metabolomics.jp_extensions.tgz}} (2011/02/22) md5:dad2c02dcc839addffcaa578474d68dc

<span style="color: red">※2011/3/1 [[Help:Extension/CreateGraph#Download|graph.php]]をバージョンアップしました。</span><br />
<span style="color: red">※2011/3/24 [[Help:Extension/HookInsert#Download|HookInsert.php]]をバージョンアップしました。</span>

解凍すると、extensions、scripts、cronという3つのディレクトリが作られます。<br />
extensionsはそのままextensions以下へ。<br />
scriptsはCreateGraphのスクリプトファイルです。<br />
cronはluaのscript_monitoring.shが入っています。<br />


なお、このtgzに含まれているextensionは以下の通りです。
インストールや設定に関しては、下記リンクを参照して下さい。

#[[Help:Extension/Wbr|Wbr]]
#[[Help:Extension/HTMLForm|HTMLForm]]
#[[Help:Extension/MySQLLikeSearch|MySQLLikeSearch]]
#[[Help:Extension/ExtendedFunctions|ExtendedFunctions]]
#[[Help:Extension/ScriptFunctions|ScriptFunctions]]
#[[Help:Extension/CreateGraph|CreateGraph]]
#[[Help:Extension/Volatile|Volatile]]
#[[Help:Extension/Persistency|Persistency]]
#[[Help:Extension/ExMolFunctions|ExMolFunctions]]
#[[Help:Extension/HookInsert|HookInsert]]
#[[Help:Extension/RemoteSearch|RemoteSearch]]
#[[Help:Extension/YankRemoteImage|YankRemoteImage]]
#[[Help:Extension/JDXFunctions|JDXFunctions]]
#[[Help:Extension/MassFunctions|MassFunctions]]
#[[Help:Extension/GetEnvironment|GetEnvironment]]
#[[Help:Extension/MassBankAPI|MassBankAPI]]
#[[Help:Extension/RowJSPage|RowJSPage]]
#[[Help:Extension/JavaApplet|JavaApplet]]
#[[Help:Extension/Secret|Secret]] <span style="color: red">必須ではないextensionです。</span>
#[[Help:Extension/BatchDelete|BathcDelete]] <span style="color: red">必須ではないextensionです。</span>

以下のページをコピーして、同じ表示になれば上記extensionのインストールは完了です。

[[Help:CheckOriginalExtension]]

=Css, Jsファイルのコピー=

以下のMediawiki名前空間に存在するページをコピーして下さい。

#[[Mediawiki:Common.css]]
#[[Mediawiki:Common.js]]
#[[Mediawiki:GoogleAPI.js]]


=Jarファイルのコピー=

以下のjarファイルをダウンロードし、

# {{#ifexistfile:/data/jar/MolCalculator.jar}} MOLから質量計算等を行うプログラム
# {{#ifexistfile:/data/jar/armDrawMetabolomics.jar}} MOLから画像生成を行うプログラム
# {{#ifexistfile:/data/jar/DisplayAll3.jar}} mass表示を行うプログラム
# {{#ifexistfile:/data/jar/TreeViewer.jar}} Speciesとフラボノイド分類を表示するプログラム
# {{#ifexistfile:/data/jar/JCVinpage.jar}} chromatogramとmass表示を行うプログラム


=追加した名前空間一覧=
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=100 Tool]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=102 Reference]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=104 Species]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=106 CrudeDrug]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=108 Kampo]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=110 Doc]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=112 Element]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=114 Index]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=116 Volatile]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=118 Persist]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=120 Mol]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=122 Enzyme]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=124 AtomMap]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=126 Pathway]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=128 Prime]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=130 PSC]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=132 PSCReference]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=134 Okamoto]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=136 Steinmetz]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=138 Edibility]
# MassBank(現在は未使用です)
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=142 P450]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=144 Arabidopsis]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=146 Ojima]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=148 Bangladesh]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=150 Aritalab](有田研究室についての名前空間です)
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=152 KampoReference]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=154 Tochimoto]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=156 Pharm]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=158 PharmReference]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=160 PKS]
# [http://metabolomics.jp/mediawiki/index.php?title=Special:AllPages&from=&to=&namespace=162 LCMS]
# Draft(内部用です)

=その他=
metabolomics.jpではTeXを利用しています。mediawikiで[http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Enable_TeX TeXを使うための設定(本家)]をご参照下さい。