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10-12桁目はそのクラス内での通し番号（特に意味は持たせていない。現状（初期状態）は体系名順） | 10-12桁目はそのクラス内での通し番号（特に意味は持たせていない。現状（初期状態）は体系名順） | ||
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===BMIO inorganics 無機化合物=== | ===BMIO inorganics 無機化合物=== | ||
*BMIOOX-- oxidized elements 炭素を含まない酸化物 | *BMIOOX-- oxidized elements 炭素を含まない酸化物 | ||
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*BMIOMT-- metals and halogens 金属元素、ハロゲン化合物 | *BMIOMT-- metals and halogens 金属元素、ハロゲン化合物 | ||
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*BMIONT-- nitrogen compounds 窒素化合物 | *BMIONT-- nitrogen compounds 窒素化合物 | ||
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*BMIOPP-- phosphates 無機リン酸化合物 | *BMIOPP-- phosphates 無機リン酸化合物 | ||
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*BMIOSF-- sulfates 硫黄化合物 | *BMIOSF-- sulfates 硫黄化合物 | ||
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===BMAA amino acids アミノ酸=== | ===BMAA amino acids アミノ酸=== | ||
| − | + | *BMAASn 鎖状アミノ酸 | |
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===BMAX amino acid derivatives アミノ酸誘導体=== | ===BMAX amino acid derivatives アミノ酸誘導体=== | ||
| − | + | *BMAXSn 鎖状アミノ酸誘導体 | |
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| + | *BMAXDP-- ジペプチド | ||
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===BMFY fatty acyls 有機酸、関連物質=== | ===BMFY fatty acyls 有機酸、関連物質=== | ||
| − | + | *BMFYSn 直鎖型 | |
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*CA: carboxylic acid カルボン酸 | *CA: carboxylic acid カルボン酸 | ||
*DA: dicarboxylic acid ジカルボン酸 | *DA: dicarboxylic acid ジカルボン酸 | ||
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*BMMCPYUR uracil ウラシル（ウリジン） | *BMMCPYUR uracil ウラシル（ウリジン） | ||
*BMMCPYXX other その他のピリミジン類 | *BMMCPYXX other その他のピリミジン類 | ||
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====BMMCAC-- aliphatic cyclic molecules 脂環式化合物==== | ====BMMCAC-- aliphatic cyclic molecules 脂環式化合物==== | ||
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*BMMCACCH cyclohexane シクロヘキサン | *BMMCACCH cyclohexane シクロヘキサン | ||
*BMMCACEN cyclohexene シクロヘキセン | *BMMCACEN cyclohexene シクロヘキセン | ||
*BMMCACDE cyclohexadiene シクロヘキサジエン | *BMMCACDE cyclohexadiene シクロヘキサジエン | ||
*BMMCACXX その他 | *BMMCACXX その他 | ||
| − | ====BMMCHC-- hetero cyclic ヘテロ環化合物 | + | ====BMMC others ==== |
| − | + | *BMMCPD-- pyridine ring ピリジン | |
| − | + | *BMMCIZ-- imidazole ring イミダゾール | |
| − | + | *BMMCTZ-- thiazole ring チアゾール | |
| − | + | *BMMCQN-- quinone ring キノン | |
| + | *BMMCVA-- retinol ring レチノール | ||
| + | *BMMCPL-- pyrrolidine ピロリジン | ||
| + | *BMMCLA-- lacton ラクトン | ||
| + | *BMMCHC-- hetero cyclic ヘテロ環化合物 | ||
| + | *BMMCAS-- assembled 環集合化合物 | ||
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===BMCC conjugated cyclic 多環化合物(縮合環、架橋環)=== | ===BMCC conjugated cyclic 多環化合物(縮合環、架橋環)=== | ||
====BMCCPU purine ring プリン環==== | ====BMCCPU purine ring プリン環==== | ||
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*BMCCPPCL chlorophyl クロロフィル | *BMCCPPCL chlorophyl クロロフィル | ||
*BMCCPPBL bilirubin ビリルビン | *BMCCPPBL bilirubin ビリルビン | ||
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==Modifications== | ==Modifications== | ||
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| + | *A aldose アルドース | ||
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| + | *H sugar alcohol 糖アルコール | ||
| + | *U uronic acid ウロン酸 | ||
| + | *N amino sugar アミノ糖 | ||
| + | *L saccharic lactone 糖ラクトン | ||
| + | *X | ||
| + | ===BMSUDn Disaccharide=== | ||
| + | n: number of carbon | ||
| + | ===BMSUPn Polysaccharide=== | ||
| + | *C glucose | ||
| + | *G galactose | ||
| + | *F fructose | ||
| + | *M mannnose | ||
| + | *I inositol | ||
| + | *X xylose | ||
| + | *A arabinose | ||
Latest revision as of 17:56, 25 March 2009
Contents |
[edit] 基礎代謝物分類方法
基礎代謝物データベースで用いられる12桁のIDは以下のような意味を持つ。 先頭8桁はそれぞれ2桁ごとに区切られ（順に 1st, 2nd, 3rd, 4thクラス）、それぞれ化合物の属するクラスを示す。
- 1st: BM 固定となり基礎代謝物であることを示す。
- 2nd: 化合物の大まかな構造、組成による分類
- 3rd, 4th: 2nd クラスをさらに分類する。基幹構造、分子構造の特徴、共通点による。
9桁目は上位8桁では表現されていない修飾基、付加構造などを示す。おまけ。 10-12桁目はそのクラス内での通し番号（特に意味は持たせていない。現状（初期状態）は体系名順）
以下、各クラスについての解説
[edit] BMIO inorganics 無機化合物
- BMIOOX-- oxidized elements 炭素を含まない酸化物
- BMIOMT-- metals and halogens 金属元素、ハロゲン化合物
- BMIONT-- nitrogen compounds 窒素化合物
- BMIOPP-- phosphates 無機リン酸化合物
- BMIOSF-- sulfates 硫黄化合物
[edit] BMAA amino acids アミノ酸
- BMAASn 鎖状アミノ酸
- BMAABn 分岐アミノ酸
- BMAACC 環状アミノ酸
[edit] BMAX amino acid derivatives アミノ酸誘導体
- BMAXSn 鎖状アミノ酸誘導体
- BMAXBn 分岐アミノ酸誘導体
- BMAXDP-- ジペプチド
- BMAXTP-- トリペプチド
[edit] BMFY fatty acyls 有機酸、関連物質
- BMFYSn 直鎖型
- BMFYBn 分岐型
[edit] 官能基
- CA: carboxylic acid カルボン酸
- DA: dicarboxylic acid ジカルボン酸
- SA: semialdehyde セミアルデヒド
- AL: aldehyde アルデヒド
- HO: alchol hydroxy アルコール
- AM: amide アミド
- AN: amine and other nitrous functional group(cyano, nitrile, nitro) アミンとその他の含窒素官能基
- PH: phosphate リン酸
- SF: sulfur containing functional group チオール、スルホン酸などの含硫黄官能基
- KT: ketone ケトン
- HL: halogens ハロゲン
- MT: metals 金属
- ES: ester エステル
- ET: ether エーテル
[edit] BMMC mono-cyclic asssembled cyclic 単環化合物
単環化合物（芳香環、ヘテロ環、環式有機化合物） 環集合(単環どうしが直接は結合しておらず、他の原子団を介して結合している)
[edit] BMMCBZ benzene ring ベンゼン環
ベンゼン環を含む化合物。さらに環上の置換基の数で分類する。2つの場合はその位置関係も。
- BMMCBZ1S with 1 substitution or no substitutions
- BMMCBZ2O with 2 substitutions (ortho position)
- BMMCBZ2M with 2 substitutions (meta position)
- BMMCBZ2P with 2 substitutions (para position)
- BMMCBZ3S with 3 substitutions
- BMMCBZ4S with 4-6 substitutions
[edit] BMMCPY pyrimidine ring ピリミジン
ベンゼン環の1位および3位の炭素が窒素で置換された構造をもつ。 核酸塩基であるチミン、シトシン、ウラシルの骨格構造となる。
- BMMCPYCT cytosine シトシン（シチジン）
- BMMCPYTY thymine チミン（チミジン）
- BMMCPYUR uracil ウラシル（ウリジン）
- BMMCPYXX other その他のピリミジン類
[edit] BMMCAC-- aliphatic cyclic molecules 脂環式化合物
- BMMCACCH cyclohexane シクロヘキサン
- BMMCACEN cyclohexene シクロヘキセン
- BMMCACDE cyclohexadiene シクロヘキサジエン
- BMMCACXX その他
[edit] BMMC others
- BMMCPD-- pyridine ring ピリジン
- BMMCIZ-- imidazole ring イミダゾール
- BMMCTZ-- thiazole ring チアゾール
- BMMCQN-- quinone ring キノン
- BMMCVA-- retinol ring レチノール
- BMMCPL-- pyrrolidine ピロリジン
- BMMCLA-- lacton ラクトン
- BMMCHC-- hetero cyclic ヘテロ環化合物
- BMMCAS-- assembled 環集合化合物
[edit] BMCC conjugated cyclic 多環化合物(縮合環、架橋環)
[edit] BMCCPU purine ring プリン環
- BMCCPUAD アデニン（アデニン、ヌクレオシド）
- BMCCPUAP アデニン（ヌクレオチド）
- BMCCPUGU グアニン（グアノシン）
- BMCCPUXA キサンチン
[edit] BMCCPT pteridine ring プテリジン環
- BMCCPTFL flavin フラビン
- BMCCPTFO folic acid 葉酸
- BMCCPTPT pteridine その他のプテリジン類
[edit] BMCCPP porphyrin ring ポルフィリン環
- BMCCPPPO pyrrole ピロール
- BMCCPPPR porphyrinogen ポルフィリノーゲン
- BMCCPPHM heme ヘム
- BMCCPPPC precorrin プレコリン
- BMCCPPCB cobalamin コバラミン
- BMCCPPCL chlorophyl クロロフィル
- BMCCPPBL bilirubin ビリルビン
[edit] BMCC others
- BMCCID-- indole インドール====
- BMCCVE-- tocopherol トコフェロール（ビタミンE）====
- BMCCQI-- quinoline キノリン====
- BMCCNP-- naphthalen ナフタレン====
- BMCCCC-- condensed ring その他の縮合環化合物====
- BMCCBR-- bridged structure 架橋環構造化合物====
[edit] Modifications
概ね以下の優先順位でクラスを与える
- a: CoA
- b: Trimethylammonium
- c: Metal
- d: Halogen
- e: Phosphate
- f: Sulfate
- g: Ester
- h: Ether,methoxy
- i: Acetamido,Acetyl
- j: Succinyl,Pyruvyl
- k: Carboxylic acid
- l: Amido
- m: Amino
- n: Cyano,nitro,nitryl
- o: Formyl,Aldehyde
- p: oxo,ketone,carbonyl
- q: Hydroxy,oxime
- r: methyl
- s: Alkyl
- t: Cyclic
[edit] 糖類(BMSU)方法
[edit] BMSUMn Monosaccharide
n: number of carbon
- A aldose アルドース
- K ketose ケトース
- H sugar alcohol 糖アルコール
- U uronic acid ウロン酸
- N amino sugar アミノ糖
- L saccharic lactone 糖ラクトン
- X
[edit] BMSUDn Disaccharide
n: number of carbon
[edit] BMSUPn Polysaccharide
- C glucose
- G galactose
- F fructose
- M mannnose
- I inositol
- X xylose
- A arabinose
