Help:HowToMake Metabolomics.jp Clone
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Revision as of 10:26, 23 February 2011
※制作中のページです※
このページでは、metabolomics.jpのクローンを作成するための手順を説明します。
Contents |
基本セッティング
以下のガイドを参考にmediawikiのインストールを行って下さい。
http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Installation_guide/ja (本家/日本語)
http://www.mediawiki.org/wiki/Manual:Installation_guide (本家/English)
注意点
- phpのコンパイルには以下のconfigureオプションを追加して下さい。
--with-mysql[=DIR] --with-gd[=DIR] --enable-mbstring --enable-mbregex --enable-zend-multibyte --enable-soap
extensionのインストール
既存extension
metabolomics.jpでは以下の5つの既存extensionを利用しています。 各extensionのインストールについては、リンク先ページをご参照下さい。
Variablesについて
Variables extensionは必ずしも必要ではありません。
metabolomics.jpでは、以下のように「APPLETROOT」というDocumentRootからアプレットを置いたディレクトリへのパスを定義していますが、
アプレットを一つのディレクトリにまとめておき、ディレクトリを移動する可能性がある場合に有効です。
なお、イタリック体の部分は、環境に合わせて変更して下さい。
<?php
$wgCustomVariables = array(
'APPLETROOT',
);
$wgHooks['MagicWordMagicWords'][] = 'wfAddCustomVariable';
$wgHooks['MagicWordwgVariableIDs'][] = 'wfAddCustomVariableID';
$wgHooks['LanguageGetMagic'][] = 'wfAddCustomVariableLang';
$wgHooks['ParserGetVariableValueSwitch'][] = 'wfGetCustomVariable';
function wfAddCustomVariable(&$magicWords)
{
foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) $magicWords[] = "MAG_$var";
return true;
}
function wfAddCustomVariableID(&$variables)
{
foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) $variables[] = constant("MAG_$var");
return true;
}
function wfAddCustomVariableLang(&$langMagic, $langCode = 0)
{
foreach( $GLOBALS['wgCustomVariables'] as $var ) {
$magic = "MAG_$var";
$langMagic[defined($magic) ? constant($magic) : $magic] = array(0,$var);
}
return true;
}
function wfGetCustomVariable( &$parser, &$cache, &$index, &$ret )
{
global $egAppletRoot;
switch ( $index ) {
case MAG_APPLETROOT:
$ret = PATH_TO_APPLETROOT;
break;
}
return true;
}
チェック
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独自extension
以下のtgzファイルは、metabolomics.jpで開発し、現在利用しているextensionの全ソースです。 2011/02/22現在での最新版をまとめてあります。
- metabolomics.jp_extensions.tgz (2011/02/22) md5:dad2c02dcc839addffcaa578474d68dc
解凍すると、extensions、scripts、cronという3つのディレクトリが作られます。
extensionsはそのままextensions以下へ。
scriptsはCreateGraphのスクリプトファイルです。
cronはluaのscript_monitoring.shが入っています。
なお、このtgzに含まれているextensionは以下の通りです。
インストールや設定に関しては、下記リンクを参照して下さい。
- Wbr
- HTMLForm
- MySQLLikeSearch
- ExtendedFunctions
- ScriptFunctions
- CreateGraph
- Volatile
- Persistency
- ExMolFunctions
- HookInsert
- RemoteSearch
- YankRemoteImage
- JDXFunctions
- MassFunctions
- GetEnvironment
- MassBankAPI
- RowJSPage
- JavaApplet
- Secret 必須ではないextensionです。
- BathcDelete 必須ではないextensionです。
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Css, Jsファイルのコピー
以下のMediawiki名前空間に存在するページをコピーして下さい。
Jarファイルのコピー
以下のjarファイルをダウンロードし、
- MolCalculator.jar MOLから質量計算等を行うプログラム
- armDrawMetabolomics.jar MOLから画像生成を行うプログラム
- DisplayAll3.jar mass表示を行うプログラム
- TreeViewer.jar Speciesとフラボノイド分類を表示するプログラム
- JCVinpage.jar chromatogramとmass表示を行うプログラム
追加した名前空間一覧
- Tool
- Reference
- Species
- CrudeDrug
- Kampo
- Doc
- Element
- Index
- Volatile
- Persist
- Mol
- Enzyme
- AtomMap
- Pathway
- Prime
- PSC
- PSCReference
- Okamoto
- Steinmetz
- Edibility
- MassBank(現在は未使用です)
- P450
- Arabidopsis
- Ojima
- Bangladesh
- Aritalab(有田研究室についての名前空間です)
- KampoReference
- Tochimoto
- Pharm
- PharmReference
- PKS
- LCMS
- Draft(内部用です)
その他
metabolomics.jpではTeXを利用しています。mediawikiでTeXを使うための設定(本家)をご参照下さい。
