Aritalab:Lecture/Programming/Cpp/Genome

Revision as of 16:32, 19 October 2010

ゲノムデータを解析するプログラムの作成法を、ステップ毎に紹介します。

データの読み込み

まず UCSD Downloadサイトに行って、ヒトゲノムのデータをダウンロードしてみます。ここではData set by chromosomeのセクションに進んで日本がシーケンスした21版染色体 (chr21.fa.gz) を取得します。faというのはFastA形式の意味です。wcコマンドにより96万行、49MBのファイルであることがわかります。headコマンドにより各行50文字程度あることがわかります。

$ gunzip chr21.fa.gz
$ wc chr21.fa
  962599   962599 49092500 chr21.fa
$ head chr21.fa
>chr21
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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Visual Studioによるプログラム作成

長さ100文字のバッファを使って行を読み、50MBのヒープ領域に21番染色体のデータを格納しましょう。 Visual Studioインストールしたら、「File→新規作成→プロジェクト」を選択して、新しいプロジェクトを開始します。 プロジェクト名.cppというソースを書くウィンドウが作成されるので、ここにプログラムを書いていきます。 まず、ファイルから1行ずつ読み込んで結合するプログラムを、main関数の中で作成します。

ファイルから1行ずつ読み込むサンプル

#include "stdafx.h"
#include <iostream>
#include <fstream>

using namespace std;

int _tmain(int argc, _TCHAR* argv[])
{
  char line[100];
  char* chr = new char[50000000];
  int size=0;
  ifstream fin("chr21.fa");
  if (!fin)
    { cout << "File not found" << endl; exit(0); }
  fin.getline(line, 100);　// 1行目の ">chr21" を捨てる
  while (!fin.getline(line, 100).eof())
  {
    for(int j=0; line[j] != 0; j++)
      chr[size++] = line[j];
  }
　　chr[size] = 0;
  cout << "Read " << size << " characters." << endl;
}

プログラムを書いたら、「ビルド→"プロジェクト名"のビルド」 でコンパイルします。 コンパイルエラーがでたら、エラーメッセージ毎にソース位置を特定できるので、修正してください。 コンパイルできたら、「デバッグ→デバッグ無しで開始」で実行してみましょう。 動作確認ができたら、書いた部分をクラスとして抽象化します。

処理のクラス化

他の染色体を読み込めるよう、

• 染色体のサイズ　(上のプログラムでは50MBの配列chr)
• 実際の文字数　(size)

をまずクラス化します。 またゲノムの文字は大文字と小文字が混在しているので、全て小文字に変換する関数 toLowercase も用意します。

21番染色体を読むサンプル

#include "stdafx.h"
#include <iostream>
#include <fstream>

using namespace std;

class Chromosome
{
private:
  char* chr;
  int bufsize;
  int size;

  char toLowercase(char c)
  {
    switch (c) {
    case 'A': return 'a';
    case 'T': return 't';
    case 'G': return 'g';
    case 'C': return 'c';
    case 'N': return 'n';
    case 'a': case 't': case 'g': case 'c': case 'n':
      return c;
    default:
      cout << "Unknown char " << c << endl;
      exit(0);
    }
  }

public:
  Chromosome(int siz) { chr = new char[siz]; bufsize = siz; }
  ~Chromosome() { delete[] chr; }
  Chromosome(const Chromosome&)
  { cout << "Error: copy constructor is called." << endl; exit(0); }
  Chromosome& operator=(const Chromosome& x)
  { cout << "Error: assignment constructor is called." << endl; exit(0); }

  void open(char* filename)
  {
    char line[100];
    size=0;
    ifstream fin(filename);
    if (!fin)
    { cout << "File not found" << endl; exit(0); }
    // skip the first line
    fin.getline(line, 100);
    while (!fin.getline(line, 100).eof())
    {
      for(int j=0; line[j] != 0; j++) {
        chr[size++] = toLowercase(line[j]);
        if (size >= bufsize)
        { cout << "Error: bufsize overflow" << endl; exit(0); }
      }
    }
    chr[size] = 0;
  }

  void printGC()
  {
    int baseA =0, baseT =0, baseG = 0, baseC =0, baseN=0;
    for (int i=0; i < size; i++)
      switch (chr[i])
    { 
      case 'a': baseA++; break;
      case 't': baseT++; break;
      case 'g': baseG++; break;
      case 'c': baseC++; break;
      case 'n': baseN++; break;
    }
    cout << "GC content: " << (baseG+baseC)*100 / (baseA+baseT) << "%" << endl;
  }
};

int _tmain(int argc, _TCHAR* argv[])
{

  Chromosome C21(50000000);
  C21.open("chr21.fa");
  C21.printGC();
}

これを実行すると、21番染色体のGC含量は69%とわかりました。