User:Aritalab/seminar/2014/Oct/JST-NSF
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| − | :14:45 - | + | :: アセンブルの結果 20万コンティグ、8万遺伝子取得。knapsack bicycle DB、GOによる解析では超長鎖脂肪酸遺伝子10遺伝子の変化は少ない。そこで、代謝経路連鎖解析 (MP linkage analysis)として隣接する遺伝子の発現量をあわせて検定する手法を開発 |
| − | : | + | :14:45 - 16:00 理研グループ研究進捗（福島、津川） |
| − | : | + | :: 福島 アセンブルの結果 17万コンティグ、FPKM値が１(1 copy)以下の場合は捨てると25853遺伝子残る、blast2goにより分類 |
| − | :16: | + | :: 津川 MS-DIALの紹介、DDAのscan time 50 ms にたいして、DIA計測 (SWATH) は 10-30 msのため SQDG が計測しにくい。脂質のフラグメンテーションパターンを整理して、 |
| − | :17: | + | :16:00 - 16:50 有田グループ研究進捗（有田、向田） |
| − | :18:00 懇親会 [http://www.zen-inc.jp/coo/ Coo] | + | :: Akie スペクトルの表示およびデータ変換インターフェースの紹介。複数サーバからデータを取得してサマリーを作成する構成の紹介。 |
| − | + | :: 向田 ミドリムシはラパマイシンで増殖阻害を受けないが脂質量は増加。FKBP12のアライメント結果。 | |
| − | + | :16:50 - 17:25 太田グループ研究進捗（太田、岡澤、小川、西尾） | |
| + | ::小川 府大GCMS計測データの公開準備。TIC、MSP/MSLフォーマット、ピークテーブルをサーバに送るパイプライン作成。問題点：RTが同じ混合物の扱い、RTでなくRIの導入 | ||
| + | ::西尾 明条件下で、抜気したあとCO2を入れるとワックス蓄積。奇数鎖に多く入る。位置をみると13CO2はmalate, succinateにハッキリ入るがcitrateは少ない。 | ||
| + | :17:25 - 17:50 全体討論 | ||
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| − | * 11/8（土） | + | * 11/8（土） ユーグレナ研究会＠奈良に参加。別に部屋をとるのではなく、できる限り口頭発表をおこなうこと。 |
| − | * | + | * 福島、小野さんでアセンブル結果の照合およびESTとの比較を行う (Frontiers 論文化？) |
| + | * 各グループのメンバー編成を10月中旬までに決定、連絡お願いします。 | ||
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| − | + | 有田、向田、<s>太田</s>、岡澤、小川、西尾、金谷、小野、福島、津川、Aki | |
Latest revision as of 10:36, 5 October 2014
[edit] JST-NSFワークショップ
- 日時 10月4日（土） 午後14時より
- 場所 三島市民文化会館 ゆうゆうホール（三島駅南口より徒歩3分）第一会議室
- プログラム （敬省略）
- 14:00 - 14:15 有田 全体の流れ、スケジュールの確認など
- 14:15 - 14:45 金谷グループ研究進捗（金谷、小野）
- アセンブルの結果 20万コンティグ、8万遺伝子取得。knapsack bicycle DB、GOによる解析では超長鎖脂肪酸遺伝子10遺伝子の変化は少ない。そこで、代謝経路連鎖解析 (MP linkage analysis)として隣接する遺伝子の発現量をあわせて検定する手法を開発
- 14:45 - 16:00 理研グループ研究進捗（福島、津川）
- 福島 アセンブルの結果 17万コンティグ、FPKM値が１(1 copy)以下の場合は捨てると25853遺伝子残る、blast2goにより分類
- 津川 MS-DIALの紹介、DDAのscan time 50 ms にたいして、DIA計測 (SWATH) は 10-30 msのため SQDG が計測しにくい。脂質のフラグメンテーションパターンを整理して、
- 16:00 - 16:50 有田グループ研究進捗（有田、向田）
- Akie スペクトルの表示およびデータ変換インターフェースの紹介。複数サーバからデータを取得してサマリーを作成する構成の紹介。
- 向田 ミドリムシはラパマイシンで増殖阻害を受けないが脂質量は増加。FKBP12のアライメント結果。
- 16:50 - 17:25 太田グループ研究進捗（太田、岡澤、小川、西尾）
- 小川 府大GCMS計測データの公開準備。TIC、MSP/MSLフォーマット、ピークテーブルをサーバに送るパイプライン作成。問題点：RTが同じ混合物の扱い、RTでなくRIの導入
- 西尾 明条件下で、抜気したあとCO2を入れるとワックス蓄積。奇数鎖に多く入る。位置をみると13CO2はmalate, succinateにハッキリ入るがcitrateは少ない。
- 17:25 - 17:50 全体討論
- 18:00 懇親会 Coo
【大阪方面】 大阪方面 19:48 三島 －（ひかり）－ 21:09 名古屋 21:13 名古屋 －（のぞみ）－22:06 大阪
[edit] 【前回の決定事項】
- 津川さんが府大に３日ほど滞在して計測データの取得および統合を検討
- MassBank, MS-DIAL, AI-output データをAkieさんに渡して統合の準備
- カロテノイドは750構造を早急に電子化
- missing valueがあっても機能するデータ解析手法
- citrateにおけるC13の入り方を再検討
[edit] 【次回以降】
- 11/8（土） ユーグレナ研究会＠奈良に参加。別に部屋をとるのではなく、できる限り口頭発表をおこなうこと。
- 福島、小野さんでアセンブル結果の照合およびESTとの比較を行う (Frontiers 論文化？)
- 各グループのメンバー編成を10月中旬までに決定、連絡お願いします。
- 出席者
有田、向田、太田、岡澤、小川、西尾、金谷、小野、福島、津川、Aki
