Sandbox6

基礎代謝物分類方法

基礎代謝物データベースで用いられる12桁のIDは以下のような意味を持つ。 先頭8桁はそれぞれ2桁ごとに区切られ（順に 1st, 2nd, 3rd, 4thクラス）、それぞれ化合物の属するクラスを示す。

• 1st: BM 固定となり基礎代謝物であることを示す。
• 2nd: 化合物の大まかな構造、組成による分類
• 3rd, 4th: 2nd クラスをさらに分類する。基幹構造、分子構造の特徴、共通点による。

9桁目は上位8桁では表現されていない修飾基、付加構造などを示す。おまけ。 10-12桁目はそのクラス内での通し番号（特に意味は持たせていない。現状（初期状態）は体系名順）

以下、各クラスについての解説

BMIO inorganics 無機化合物

• BMIOOX-- oxidized elements 炭素を含まない酸化物
• BMIOMT-- metals and halogens 金属元素、ハロゲン化合物
• BMIONT-- nitrogen compounds 窒素化合物
• BMIOPP-- phosphates 無機リン酸化合物
• BMIOSF-- sulfates 硫黄化合物

BMAA amino acids アミノ酸

• BMAASn 鎖状アミノ酸
• BMAABn 分岐アミノ酸
• BMAACC 環状アミノ酸

BMAX amino acid derivatives アミノ酸誘導体

• BMAXSn 鎖状アミノ酸誘導体
• BMAXBn 分岐アミノ酸誘導体
• BMAXDP-- ジペプチド
• BMAXTP-- トリペプチド

BMFY fatty acyls 有機酸、関連物質

• BMFYSn 直鎖型
• BMFYBn 分岐型

官能基

• CA: carboxylic acid　カルボン酸
• DA: dicarboxylic acid　ジカルボン酸
• SA: semialdehyde　セミアルデヒド
• AL: aldehyde　アルデヒド
• HO: alchol hydroxy　アルコール
• AM: amide　アミド
• AN: amine and other nitrous functional group(cyano, nitrile, nitro)　アミンとその他の含窒素官能基
• PH: phosphate　リン酸
• SF: sulfur containing functional group　チオール、スルホン酸などの含硫黄官能基
• KT: ketone　ケトン
• HL: halogens　ハロゲン
• MT: metals　金属
• ES: ester　エステル
• ET: ether　エーテル

BMMC mono-cyclic asssembled cyclic 単環化合物

単環化合物（芳香環、ヘテロ環、環式有機化合物） 環集合(単環どうしが直接は結合しておらず、他の原子団を介して結合している)

BMMCBZ benzene ring ベンゼン環

ベンゼン環を含む化合物。さらに環上の置換基の数で分類する。2つの場合はその位置関係も。

• BMMCBZ1S with 1 substitution or no substitutions
• BMMCBZ2O with 2 substitutions (ortho position)
• BMMCBZ2M with 2 substitutions (meta position)
• BMMCBZ2P with 2 substitutions (para position)
• BMMCBZ3S with 3 substitutions
• BMMCBZ4S with 4-6 substitutions

BMMCPY pyrimidine ring ピリミジン

ベンゼン環の1位および3位の炭素が窒素で置換された構造をもつ。 核酸塩基であるチミン、シトシン、ウラシルの骨格構造となる。

• BMMCPYCT cytosine　シトシン（シチジン）
• BMMCPYTY thymine　チミン（チミジン）
• BMMCPYUR uracil　ウラシル（ウリジン）
• BMMCPYXX other　その他のピリミジン類

BMMCAC-- aliphatic cyclic molecules 脂環式化合物

• BMMCACCH cyclohexane シクロヘキサン
• BMMCACEN cyclohexene シクロヘキセン
• BMMCACDE cyclohexadiene シクロヘキサジエン
• BMMCACXX その他

BMMC others

• BMMCPD-- pyridine ring ピリジン
• BMMCIZ-- imidazole ring イミダゾール
• BMMCTZ-- thiazole ring チアゾール
• BMMCQN-- quinone ring キノン
• BMMCVA-- retinol ring レチノール
• BMMCPL-- pyrrolidine ピロリジン
• BMMCLA-- lacton ラクトン
• BMMCHC-- hetero cyclic ヘテロ環化合物
• BMMCAS-- assembled 環集合化合物

BMCC conjugated cyclic 多環化合物(縮合環、架橋環)

BMCCPU purine ring プリン環

• BMCCPUAD アデニン（アデニン、ヌクレオシド）
• BMCCPUAP アデニン（ヌクレオチド）
• BMCCPUGU グアニン（グアノシン）
• BMCCPUXA キサンチン

BMCCPT pteridine ring プテリジン環

• BMCCPTFL flavin フラビン
• BMCCPTFO folic acid 葉酸
• BMCCPTPT pteridine その他のプテリジン類

BMCCPP porphyrin ring ポルフィリン環

• BMCCPPPO pyrrole ピロール
• BMCCPPPR porphyrinogen ポルフィリノーゲン
• BMCCPPHM heme ヘム
• BMCCPPPC precorrin プレコリン
• BMCCPPCB cobalamin コバラミン
• BMCCPPCL chlorophyl クロロフィル
• BMCCPPBL bilirubin ビリルビン

BMCC others

• BMCCID-- indole インドール====
• BMCCVE-- tocopherol トコフェロール（ビタミンE）====
• BMCCQI-- quinoline キノリン====
• BMCCNP-- naphthalen ナフタレン====
• BMCCCC-- condensed ring その他の縮合環化合物====
• BMCCBR-- bridged structure 架橋環構造化合物====

Modifications

概ね以下の優先順位でクラスを与える

• a: CoA
• b: Trimethylammonium
• c: Metal
• d: Halogen
• e: Phosphate
• f: Sulfate
• g: Ester
• h: Ether,methoxy
• i: Acetamido,Acetyl
• j: Succinyl,Pyruvyl
• k: Carboxylic acid
• l: Amido
• m: Amino
• n: Cyano,nitro,nitryl
• o: Formyl,Aldehyde
• p: oxo,ketone,carbonyl
• q: Hydroxy,oxime
• r: methyl
• s: Alkyl
• t: Cyclic