Aritalab:Lecture/Programming/Unix

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レポートの書き方

Arita Laboratory

Windows・MacでUnix環境を使う

Mac は Unix ライクなコンソールを備えていますが、Windowsは Ubuntu （LinuxOSの一種）をインストールする必要があります。 まず以下のサイトのとおりに、Windows 上に WSL をインストールします。これで Ubuntu のコンソールを使えるようになります。

- [1]

次に miniconda というパッケージマネジャーをインストールします。Minicondaは様々なソフトウェアを Linux 上に導入する conda パッケージの最小版になります。

- [2]

Windows用の .exe ファイルをインストールすると windows powershell 用に環境が整ってしまいます。WSLで導入した Ubuntu から実行するには以下のようにします。

> curl -O https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
...
> bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
...

これで miniconda が入ります。

Unixコマンドの基本

コマンドのオプションや詳細は、"man コマンド名"や"コマンド名 --help"と打って調べましょう。

ファイルシステム ls  指定されたディレクトリのファイル名を表示 cd  ディレクトリ間を移動 pwd  現在のディレクトリを表示 cp  ファイルをコピー mv  ファイル（名）を移動 rm  ファイルやディレクトリを削除 mkdir  ディレクトリを作成 rmdir  ディレクトリを削除 (rmでも削除できる) touch  空のファイルを作成

テキストファイル操作 cat  指定されたファイルを連結して標準出力に出す echo  指定された文字列を標準出力に出す less  指定されたファイルを表示 wc  ファイルの文字数、ワード数、行数 grep  指定ファイルから、キーワードを含む行を検索 sort  ファイルをアルファベット順や数の大きさ順に行単位でソート タブ区切りのテキストをソートしたい時は$TAB指定 TAB = 'echo -e "\t"' sort -t"$TAB" file diff  引数を二つ指定し、ファイル同士の違いを表示 cut  各行の指定箇所を切り出す head  ファイルの先頭１０行を出力 tail  ファイルの末尾１０行を出力

ファイル圧縮 gzip  ファイルを.gz拡張子のついた形に圧縮 解凍するには gunzip または　gzip -d tar  アーカイブファイルを作成 作成は tar cvf [tarfile] [file1] [file2] ... 展開は tar xvf [tarfile] その他 *  空文字を含む任意の文字列  ?  任意の一文字 |  パイプ。左側のコマンドの標準出力を、右側のコマンドの標準入力につなぐ >  リダイレクト。左側のコマンドの標準出力をファイルに書き出す

ゲノム解析に必要なツールとデータ

conda を使って以下のように準備しておきます。

(base) $ conda install -y -c bioconda fastqc fastp megahit seqkit
...
(base) $ curl -O ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp//ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX02218
6/DRR024501_1.fastq.bz2
(base) $ curl -O ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp//ddbj_database/dra/fastq/DRA002/DRA002643/DRX02218
6/DRR024501_2.fastq.bz2
...
(base) $ bunzip2 *.bz2
...
>seqkit stats *.fastq
(base) $ seqkit stats *.fastq
file               format  type   num_seqs      sum_len  min_len  avg_len  max_len
DRR024501_1.fastq  FASTQ   DNA   2,971,310  745,798,810      251      251      251
DRR024501_2.fastq  FASTQ   DNA   2,971,310  745,798,810      251      251      251