MediaWiki:LipoqualitySearch.js
From Metabolomics.JP
Note: After saving, you may have to bypass your browser's cache to see the changes.
- Firefox / Safari: Hold Shift while clicking Reload, or press either Ctrl-F5 or Ctrl-R (⌘-R on a Mac)
- Google Chrome: Press Ctrl-Shift-R (⌘-Shift-R on a Mac)
- Internet Explorer: Hold Ctrl while clicking Refresh, or press Ctrl-F5
- Konqueror: Click Reload or press F5
- Opera: Clear the cache in Tools → Preferences
// Last-update: 2018/11/01
// 対象項目からデータを検索する ////////////////////////////////////////////////////////
// param sampleSource - sample source
// param sampleType - sample type
// param lipidClass - lipid class
// return 検索結果
function lipoqualitySearch(sampleSource, sampleType, lipidClass)
{
// sample sourceとsample typeはAllがあるため、正規表現を用いてマッチングを行う
var ssReg = new RegExp(translateForReg(sampleSource));
var stReg = new RegExp(translateForReg(sampleType));
// 検索
var result = [];
var i = 0;
for(key in gAllData){
if(!ssReg.test(key)) // sample sourceが合致するか
continue;
for(var j = 0; j < gAllData[key].length; j ++){
//console.log("length:" + j + "," + gAllData[key].length);
// 対象sample source, sample typeかチェック
//console.log("st:" + key + ":" + gAllData[key][j]["Sample name"] + ":" + stReg.test(gAllData[key][j]["Sample name"]));
if(!stReg.test(gAllData[key][j]["Sample name"])) // sample typeが合致するか
continue;
//console.log("search:" + key + ":" + gAllData[key][j]["Sample name"] + ":" + gAllData[key][j]["data"].length);
var found = false;
for(var k = 0; k < gAllData[key][j]["data"].length; k ++){
// 対象lipid classかチェック
//console.log("hit:" + key + ":" + gAllData[key][j]["data"][k]["Lipid class"] + "==" + lipidClass);
if(gAllData[key][j]["data"][k]["Lipid class"] == lipidClass){
found = true;
break;
}
}
// 対象だったので結果に格納する
if(found){
result[i] = [];
result[i]["title"] = key + "/" + gAllData[key][j]["Sample name"] + "/" + lipidClass;
result[i]["Method link"] = gAllData[key][j]["Method link"];
i ++;
}
}
}
return result;
}
// 指定されたID群をもとに、グラフ全般用のデータを取得する ///////////////////////////////
// param ids - 対象データのID。「SampleSource/SampleType/LipidClass」で構成される。
// param chartType - 未使用
// return 対象データ
function retrieveChartData(ids, chartType)
{
// '#7fbfff'がbarchartのデフォルト色と似ているので排除する
var pieColors = ['#ff7f7f','#7f7fff','#7fff7f','#ff7fbf','#bfff7f','#ff7fff','#7fffff','#000000','#bf7fff','#7fffbf','#ffbf7f','#808080'];
var result = {};
var data = {};
var colorKeys = {};
var colorIndex = 0;
// id毎にデータを取得
result.x = []; // Xラベル
result.map = []; // チャートデータ
for(var index = 0; index < ids.length; index ++){
var w = ids[index].split("/");
var samplesource = w[0];
var sampletype = w[1];
var lipidclass = w[2];
result.map[index] = {}; // 通常チャート用
result.map[index].pie = []; // パイチャート用
var pieKeys = {};
var pieIndex = 0;
for(key in gAllData){ // sample source
if(samplesource != key)
continue;
for(var j = 0; j < gAllData[key].length; j ++){ // sample name
if(sampletype != gAllData[key][j]["Sample name"])
continue;
// 同一のLipidSuperClassのみ対象とする
// 通常チャートは同一LipidClassのみだが、パイチャートにおいて意味を持つ
var targetLipidSuperClass = undefined;
for(var k = 0; k < gAllData[key][j]["data"].length; k ++){
if(gAllData[key][j]["data"][k]["Lipid class"] == lipidclass){
targetLipidSuperClass = gAllData[key][j]["data"][k]["Lipid super class"];
break;
}
}
// 各lipid classのチェック
for(var k = 0; k < gAllData[key][j]["data"].length; k ++){
if(gAllData[key][j]["data"][k]["Lipid super class"] != targetLipidSuperClass) // superクラスが違うものは対象外
continue;
var lc = gAllData[key][j]["data"][k]["Lipid class"];
// lipid classごとに色を変える
if(colorKeys[lc] == undefined){
colorKeys[lc] = colorIndex++;
}
// パイチャート用データ
if(pieKeys[lc] == undefined){
pieKeys[lc] = pieIndex++;
result.map[index].pie[pieKeys[lc]] = {};
result.map[index].pie[pieKeys[lc]].name = lc; // type
result.map[index].pie[pieKeys[lc]].color = pieColors[colorKeys[lc]%pieColors.length];
result.map[index].pie[pieKeys[lc]].y = 0;
}
result.map[index].pie[pieKeys[lc]].y += parseFloat(gAllData[key][j]["data"][k]["Intensity"]); // intensity
if(lc == lipidclass){ // lipid classが対象のものなら、通常チャート用にデータを格納する
result.map[index].title = samplesource + "/" + sampletype + "/" + lipidclass;
result.map[index].meta = {};
for(meta in gAllData[key][j]){// 全メタ情報
if(meta != "data")
result.map[index].meta[meta] = gAllData[key][j][meta];
}
var lipidType = getLipidType(gAllData[key][j]["data"][k]); // chain文字列を取得する
// すべてのデータでX軸を統一するため、いったんdata配列にデータを格納する
if(data[lipidType] == undefined){ // まだ出てきていないchainならばX軸ラベルに追加する
data[lipidType] = [];
result.x.push(lipidType);
}
data[lipidType][index] = gAllData[key][j]["data"][k];
//Logger.log(filename + "/" + tabname + "/" + type);
}
}
}
}
}
// chainの小さい順に並べ替える
result.x.sort(function(a1, a2){
// chainの数による比較
var lipidClass1 = a1.split("/");
var lipidClass2 = a2.split("/");
if(lipidClass1.length < lipidClass2.length) return -1;
if(lipidClass1.length > lipidClass2.length) return 1;
// chainの長さと二重結合数による比較
for(var i = 0; i < lipidClass1.length; i ++){
var lc1 = parseInt(lipidClass1[i].replace(/:/, ""));
var lc2 = parseInt(lipidClass2[i].replace(/:/, ""));
if(lc1 < lc2) return -1;
if(lc1 > lc2) return 1;
}
return 0;
});
// データを整形
var maxOfAll = 0;
for(var index = 0; index < ids.length; index ++){
result.map[index].data = [];
var max = 0;
for(var j = 0; j < result.x.length; j ++){
result.map[index].data[j] = [];
if(data[result.x[j]][index] == undefined){ // このデータには、対象chainの情報がないため、ダミーを格納しておく
data[result.x[j]][index] = {
"Intensity":"0",
"Formula" :"",
"InChIKey" :"",
"SMILES" :"",
"RT[min]" :"",
"m/z" :"",
"Adduct" :"",
"TI" :"",
"MI" :"",
"MSMS" :""
};
}
// Intensityの処理
var inte = parseFloat(data[result.x[j]][index]["Intensity"]);
if(inte > max)
max = inte;
result.map[index].data[j].push(inte);
// メタ情報の格納
result.map[index].data[j].meta = {};
result.map[index].data[j].meta["Formula"] = data[result.x[j]][index]["Formula"];
result.map[index].data[j].meta["InChIKey"] = data[result.x[j]][index]["InChIKey"];
result.map[index].data[j].meta["SMILES"] = data[result.x[j]][index]["SMILES"];
result.map[index].data[j].meta["RT[min]"] = data[result.x[j]][index]["RT[min]"];
result.map[index].data[j].meta["m/z"] = data[result.x[j]][index]["m/z"];
result.map[index].data[j].meta["Adduct"] = data[result.x[j]][index]["Adduct"];
result.map[index].data[j].meta["TI"] = data[result.x[j]][index]["TI"];
result.map[index].data[j].meta["MI"] = data[result.x[j]][index]["MI"];
result.map[index].data[j].meta["MSMS"] = data[result.x[j]][index]["MSMS"];
}
for(var j = 0; j < result.x.length; j ++) // 意味ある？
result.map[index].data[j][0] = result.map[index].data[j][0];
// 全体での最大Intensityを見つけ出す
result.map[index].max = max;
if(maxOfAll < max)
maxOfAll = max;
}
result.maxOfAll = maxOfAll;
result.title = lipidclass;
// アルキル、ジアシル用に配列にしておく
// -> 完全に別々になったので、無意味に
var array = [];
array.push(result);
return array;
}
// 文字列を正規表現文字列に変換する ////////////////////////////////////////
// param str 対象文字列
// return 正規表現用文字列
function translateForReg(str)
{
// ()はエスケープする
str = str.replace("(","\\(","g");
str = str.replace(")","\\)","g");
// Allはすべてが対象
if(str == "All" || str.length == 0)
str = ".*";
else
str = "^" + str + "$";
return str;
}
// chainグラフ用データの取得 ///////////////////////////////////////////////
// param samplename - Sample Name
// param samplesource - Sample Source
// param sampletype - Sample Type
// param lipidclass - Lipid class
// param chain - Lipid chain
// return 対象データ
function retrieveChainData(samplename, samplesource, sampletype, lipidclass, chain)
{
// sample sourceとsample typeはAllがあるため、正規表現を用いてマッチングを行う
// var ssReg = new RegExp(translateForReg(samplesource));
// var stReg = new RegExp(translateForReg(sampletype));
var snReg = new RegExp(translateForReg(samplename), "i");
var result = {};
var maxOfAll = 0;
var index = 0;
var legends = {};
if(chain.indexOf("/") > 0)
result.title = lipidclass + "(" + chain + ")";
else
result.title = lipidclass + " " + chain;
result.lipidclass = lipidclass;
result.chain = chain;
result.x = [];
result.ionmode = [];
result.intensity = [];
result.adduct = [];
quantification = "";
for(key in gAllData){
// if(!ssReg.test(key)) // sample sourceが合致するか
// continue;
for(var j = 0; j < gAllData[key].length; j ++){
// if(!stReg.test(gAllData[key][j]["Sample name"])) // sample typeが合致するか
// continue;
if(!snReg.test(gAllData[key][j]["Sample source"])) // samplenameが合致するか
continue;
// 特定のlipid class, lipid chainのみを対象とする
for(var k = 0; k < gAllData[key][j]["data"].length; k ++){
if(gAllData[key][j]["data"][k]["Lipid class"] != lipidclass)
continue;
if(!gAllData[key][j]["data"][k]["Lipid super class"]) // 空データ
continue;
var lipidType = getLipidType(gAllData[key][j]["data"][k]);
// var legend = key + "/" + gAllData[key][j]["Sample name"];
var legend;
if(gAllData[key][j]["Sample source"] == "Human")
legend = "Human plasma";
else if(gAllData[key][j]["Sample source"] == "Mouse")
legend = gAllData[key][j]["Tissue"];// + "_" + gAllData[key][j]["Sample type"] + "_" + gAllData[key][j]["Treatment"];
else if(gAllData[key][j]["Sample source"] == "Cell")
legend = gAllData[key][j]["Sample type"];
else
legend = gAllData[key][j]["Sample name"];
if(!legends[legend] && lipidType == chain){ // legend名が複数回被る可能性があるので、すでに格納済みのlegendは処理しない
// 対象,,m
result.x[index] = legend;
result.ionmode[index] = gAllData[key][j]["Ion mode"];
result.adduct[index] = gAllData[key][j]["data"][k]["Adduct"];
result.intensity[index] = parseFloat(gAllData[key][j]["data"][k]["Intensity"]); // intensity
if(quantification.length == 0)
quantification = gAllData[key][j]["Quantification"];
else if(quantification != gAllData[key][j]["Quantification"])
quantification = "?";
if(maxOfAll < result.intensity[index]) // 全体での最大Intensityを調べる
maxOfAll = result.intensity[index];
index ++;
legends[legend] = true;
}
}
}
}
result.maxOfAll = maxOfAll;
result.quantification = quantification;
return result;
}
// lipid chainを構築して返す。chain情報はSN1～SN4まで分かれており、さらにSN1が空の場合はTotal chainを使用する ///
// param array - 列データ
// return lipid chain文字列。16:0, 16:0/16:0など
function getLipidType(array)
{
// SN1からSN4までのchainを連結させる
var lipidType = array["SN1 chain"];
for(var l = 2; l <= 4; l ++){
if(array["SN" + l + " chain"].length > 0)
lipidType += "/" + array["SN" + l + " chain"];
else
break;
}
// SN1が空だった場合はTotalChainを使用する
if(lipidType.length == 0)
lipidType = array["Total chain"];
return lipidType;
}
