Aritalab:Lecture/Biochem/Software

シミュレーション

Cell Designer

慶應義塾大学の舟橋さんが開発するエディタ兼シミュレータです。大変高機能で使い勝手もよくできています。 主にシグナル伝達や大規模ネットワークの視覚化に用いられます。

インストールの仕方

1. ウェブサイトからダウンロードのリンクをたどる
2. 実行形式のファイルをクリックしてインストール、アイコンをクリックしてスタート

サンプルファイルの実行

1. File → Open で samples フォルダの中から適当なモデルを選びます。(MAPK.xml)
2. 選んだモデルが画面に出てくるので、Simulation → Control Panel を出します
3. Control Panel 内で、左上の実行時間 (End time) を 1000 にして実行し、概要を把握します

モデルデータベースからのダウンロード

• EBI の BioModels データベース

けっこう動かないモデルも多い

モデルは Cell Designerの確認サイト から選ぶとよい

Cell Illustrator

東大医科研で開発するエディタ兼シミュレーターです。　シミュレーション機能を持つバージョンは有償のため、お勧めしません。

Copasi

VBIのPedro Mendesが中心に開発する代謝反応のシミュレータです。代謝のフラックスや定量シミュレーションに向いています。

GENESIS

神経科学の分野で20年以上にわたり使われ、開発されてきたシミュレータです。視覚的にはあまりぱっとしませんが、多くの神経生理学モデルが利用可能です。